Poiché da diversi secoli la cripta sottostante l’altare papale accoglieva le tombe dei papi scomparsi, Pio XII ordinò di risistemare l’area perché vi si potesse accogliere il sarcofago di Pio XI.
Gli scavi vennero affidati al professor Enrico Josi, ai gesuiti Antonio Ferrua ed Engelbert Kirschbaum, all’architetto Bruno Maria Apollonj Ghetti e furono svolti sotto la direzione di monsignor Ludwig Kaas.